سید هادی خامنه‌ای یکی از بزرگترین ضعف‌ها را حذف «اخلاق» از عرصه تحقیقات علمی و فقاهت ی دانست و بیان کرد: اگر اخلاق در جایگاه حقیقی خود قرار گیرد و مجتهدان، روی یکایک موارد و مسائل آن با دقت و وسواس و حساسیت، تکیه کنند؛ دروغگویان و بی تقوایانِ بی‌تعهد و رانت خواران و پاچه خواران و دین فروشان، از صحنه اجتماعی، حذف و رسوا خواهند شد و جامعه روی سعادت و بهروزی را خواهد دید. اما متأسفانه از گذشته تا حال، موضوع بنیادی اخلاق از صحنه کنار گذاشته شد و به جای آن بیشتر بر بحث و تحقیق درباره موضوعات عبادی مانند صلوة و زکوة و حج و … تأکید گردید.

ناصر نجفی، پژوهشگر مؤسسه فقاهت و تمدن اسلامی در یادداشتی آورده است: یکی از دروس نظام آموزشی حوزه‌های علمیه «الروضه البهیه فی شرح اللمعه الدمشقیه» معروف به «شرح لمعه» می‌باشد.

اسلام به روشنفکر دینی نشاط و سرزندگی می بخشد و او را در عمق وجدان متعهد می سازد, به اهداف و آرمان هایش تقدس می بخشد و از بی تفاوتی نسبت به حوادث اطراف خود و بی دردی نسبت به مشکلات جامعه رها می سازد.او را در مسیری از تکامل قرار می دهد که در هیچ حدی متوقف نمی گردد. مانع از خیانت و سقوط او می شود.متن زیر،اقدام به بحث در خصوص رابطه آزاد اندیشی اسلامی و روشنفکری دینی می کند.